Por su valor ecológico, el humedal Estero de Domingo Rubio, situado cerca del Paraje Natural Marismas del Odiel en el estuario de Huelva, cuenta con protecciones regionales, estatales e internaciones. Sin embargo, sus arroyos tributarios y la Ría de Huelva le aportan contaminantes de origen antropogénico que pueden afectar a la calidad del agua y al ecosistema.
