La revista BMC Bioinformatics publicó la semana pasada un artículo sobre un nuevo software desarrollado por el Laboratorio de Bioinformática Estructural, equipo que dirige Baldomero Oliva, dentro del Grupo de Investigación en Informática Biomédica (GRIB) de la UPF-IMIM. El artículo "BIANA: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks" describe las posibilidades de una nueva herramienta al servicio de la investigación que ofrece la novedad de integrar las abundantes datos biológicos disponibles hasta ahora, así como sus relaciones, en una única prestación.
El interfaz BIANA, acrónimo de Biologic Interactions and Network Analysis, reúne múltiples fuentes de información biológica y es capaz de inferir, a partir de interacciones ya conocidas de proteínas y genes, nuevas posibilidades de interacción de biomoléculas aún por descubrir. Esta interacción es lo que convierte a BIANA en una herramienta aún más interesante y prometedora.
Un valor añadido de la aplicación es que BIANA utiliza la interfaz gráfica Cytoscape para visualizar y gestionar de manera fácil e interactiva los datos. Adicionalmente, también se puede usar en un servidor junto con otros programas generados por el grupo.
BIANA identifica nuevas estrategias para combatir enfermedades como el Alzheimer o la diabetes
El potencial de esta nueva herramienta bioinformática es muy amplias. Por poner un ejemplo de sus posibilidades, a través de BIANA, se han podido identificar en modelos animales proteínas que intervienen simultáneamente en enfermedades tan comunes y relevantes como el Alzheimer y la diabetes y que pueden ser dianas potenciales para tratamientos farmacológicos.
BIANA permite crear redes de interacción para todas las proteínas almacenadas en su base de datos con independencia de la especie de procedencia. Ello lo consigue por medio de predicciones basadas en homologías entre secuencias o en dominios estructurales comunes. El resultado es la identificación de proteínas susceptibles de convertirse en buenas dianas terapéuticas.
La principal característica de esta plataforma es que unifica protocolos y criterios de análisis y de información procedente de los datos biológicos disponibles para los investigadores que, hasta el momento, se encontraban dispersas en diferentes bases de datos y bajo nomenclaturas diferentes, lo que las hacía difíciles de identificar y estudiar.
BIANA es un producto accesible para todos los investigadores, fácil de usar y disponible bajo licencia GNU General Public License GPL.
Trabajo de referencia:
J. García-García; E. Guney; R. Aragues; J. Planas-Iglesias; B. Oliva. " BIANA: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks", BMC Bioinformatics, 11:56doi:10.1186/1471-2105-11-56, enero 2007.
El grupo Nature publica hoy un paquete de artículos en varias de sus revistas que en conjunto supone un análisis sin precedentes sobre el cáncer y que da un giro a lo que se sabía hasta ahora. Arroja luz incluso sobre cómo prevenir esta patología que, como alertaba la OMS al principio de este año, sigue una trayectoria al alza.
Investigadores de EE UU confirman que los humanos somos capaces de detectar la estructura básica de una frase casi tan rápido como se reconoce una escena visual: en unos 150 milisegundos, es decir, la velocidad de un parpadeo.
