Las montañas submarinas, los corales de agua fría, los taludes superiores de los márgenes continentales y los cañones submarinos son los ecosistemas del mar profundo que mayor riesgo corren a corto y medio plazo. Según el estudio publicado en PLoS ONE, la presión pesquera, el cambio climático, la acidificación oceánica, la contaminación química y la acumulación de basuras amenazan estos ecosistemas.