Uno de cada cinco pueblos de Aragón se encuentra en riesgo de inundación por el desbordamiento de ríos, barrancos y ramblas. De los 1.729 núcleos de población que existen en la comunidad autónoma aragonesa, 371 (21,5%) han sido catalogados con riesgo de inundación fluvial, tal como se concluye en el trabajo de un grupo de expertos de la Universidad de Zaragoza. Las tres poblaciones aragonesas con mayor riesgo (10 puntos) son Calatayud, Alcañiz y Zaragoza, seguidas de Ateca, Daroca, Biescas, Barbastro y Aínsa (9 puntos), y de Novillas, Boquiñeni, Ejea, Monzón, Boltaña y Fraga, con 8 puntos.

El moco de roca, el alga invasora detectada a mediados del mes de mayo en las aguas del río Porma, es "bastante probable" que invada los lechos de otros cauces de la provincia de León en los próximos meses. Con esta previsión trabaja el equipo investigador de la Universidad de León que colabora con la Confederación Hidrográfica del Duero en la recogida de muestras y asesoramiento para evitar la expansión de esta especie, según informó uno de sus investigadores, Saúl Blanco. Los ríos que poseen mayores factores de riesgo de alojar a este alga, muy dañina para los ecosistemas locales, son los ríos de cabecera, como el Órbigo y el Torío.

En España cada vez ha sido y es frecuente la construcción de infraestructuras transversales de los ríos para el aprovechamiento o encauzamiento del agua, tales como las presas, las centrales hidroeléctricas, los azudes, los puentes, los pasos de agua o las estaciones de aforo, entre otras actuaciones. En general, todas estas infraestructuras se construyen sin tener en cuenta, en muchos casos, el perjuicio que conllevan para el hábitat de las especies piscícolas, entre ellas, la trucha común.

El Ministerio de Medio Ambiente, Medio Rural y Marino (MARM) ha aprobado un proyecto de I+D+i promovido por varias instituciones para el control en el embalse de Mequinenza del mejillón cebra, una especie invasora en expansión en algunos ríos de la península. El proyecto se enmarca en el subprograma de Medio Ambiente y Ecoinnovación dentro del Plan Nacional de I+D+i.